Ο ναός της Αγίας Σοφίας του Θεού θεμελιώθηκε από τον Ιουστινιανό.
Ο Ναός κάηκε πρώτη φορά το 532 στη Στάση του Νίκα επί Ιουστινιανού.
Στην Αγία Σοφία φυλάσσονταν πολυάριθμα λείψανα, ιερά κειμήλια που συγκεντρώνονταν από όλα τα μέρη της Αυτοκρατορίας.
Την αποκατάσταση του υπέρλαμπρου Ναού πρότεινε στον Ιουστινιανό η Θεοδώρα
Ο Ιουστινιανός παρήγγειλε τις κουρτίνες του Κιβωρίου της Αγίας Σοφίας σε διάσημες κεντήστρες από την Συρία.
Ο Ιουστινιανός επέβλεπε προσωπικά το έργο και αιφνιδίαζε τους εργάτες με εφόδους τις πρωινές ώρες, ανταμείβοντας με ασημένιο νόμισμα όσους προσέρχονταν πρώτοι στην εργασία τους
Αν και η Αγία Σοφία ήρθε αντιμέτωπη τουλάχιστον με 12 μεγάλους σεισμούς, παρέμεινε αλώβητη.
Κατά την περίοδο της Λατινοκρατίας 1204-1261 η Αγία Σοφία χρησιμοποιήθηκε ως Ρωμαιοκαθολικός Ναός
Στην Αγία Σοφία υπάρχει ο τάφος του Ερρίκου Δάνδολου, του Δόγη της Βενετίας, που πρωταγωνίστησε στην Άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Σταυροφόρους.
Στα ψηφιδωτά απεικονίζονταν κυρίως Αυτοκράτορες και από τις Αυτοκράτειρες μόνο η Θεοδώρα.